我国目前有三种工时制度，分别为标准工时制、综合计算工时制和不定时工作制，弹性工作制并非工时制，主要是标准工时制、综合计算工时制在考勤上的弹性处理，并不需要劳动行政部门的审批。本问题中单位在《员工手册》中规定“员工出差期间为弹性工作制，不计考勤与加班”是对劳动者在出差期间这一特殊时期的工作时间的规定，并非对劳动者工时工作制的规定。

出差期间，难以实施考勤，作为弹性工作制处理有其合理性，并不违反法律法规的强制性规定，应属合法有效，但规定“不计加班”则存在法律风险：员工在出差时恰逢休息日和法定节假日，用人单位无法全面考核劳动者的出勤情况，不能当然说明劳动者在休息日或法定日从事工作，但是员工主张的加班经过用人单位审批或员工有证据证明从事单位安排的工作，用人单位应当支付员工加班费用，在此情况下，该规定因免除了用人单位支付加班工资的义务、侵害了劳动者的合法权益而不能适用。